Emiliano Mondonico cresce nelle giovanili della Rivoltana, squadra dilettantistica del suo paese; nel 1966 viene ingaggiato dalla Cremonese con cui gioco’ una stagione in serie D e una in serie C. Nel 1968-69 esordi’ in serie A con la maglia del Torino. Dopo due stagioni in granata scese di categoria per giocare con il Monza (23 gare e 7 reti) e ritornare in A nel 1971-72 con l'Atalanta. Chiuse la carriera dopo il ritorno alla Cremonese, con cui gioco’ per sette stagioni tra serie B e serie C. Comincia la sua carriera di allenatore nel 1979.
Iniziata la carriera da allenatore nel 1979 come tecnico delle giovanili della Cremonese, gli venne affidata la prima squadra grigiorossa nel corso del campionato di serie B nella stagione 1981-82.
Rimase in sella alla squadra fino al 1986, ottenendo nel 1983-84 quello che fu il ritorno dei lombardi in massima serie dopo cinquantaquattro anni.
Dopo la retrocessione in serie B del 1984-85, Emiliano passo’ al Como nel 1986-87, col quale ottienne un nono posto. Nella stagione 1987-88 fu ingaggiato dall’Atalanta, in serie B; ottenne immediatamente la promozione e guidò la squadra bergamasca in un’esaltante esperienza in Coppa delle Coppe, conclusa in semifinale di fronte ai belgi del k.V. Mechelen, che poi vinsero la competizione contro l'Ajiax.
Nelle due stagioni successive, ottenne un sesto e un settimo posto in massima serie, con la qualificazione alla successiva coppa Uefa.
Tra il 1990-91 e il 1993-94 siede sulla panchina del Torino: con i granata ottenne i migliori successi della sua carriera. Quinti nel 1991, nella stagione 1991-92 concludono il campionato in terza posizione, disputando la finale di coppa Uefa persa contro gli olandesi dell'Ajax, pur non conoscendo sconfitta nella doppia finale.
Nel ritorno della finale ad Amsterdam restò nell’immaginario collettivo l’episodio della sedia alzata al cielo, in segno di protesta verso l’arbitraggio ritenuto da lui particolarmente sfavorevole.
Nel 1992-93 la squadra granata vince la coppa Italia, nonostante tre rigori fischiati contro al Toro nel ritorno della finale in casa della Roma. Tornato all’Atalanta nel 1994-95, riporta i bergamaschi in massima serie, traghettandoli anche verso la finale di coppa italia persa contro la Fiorentina. Dopo la retrocessione a Bergamo (97/98), nella stagione successiva torna al Toro, che riporterà in massima serie dopo solo un anno.
Dopo non essere riuscito a scongiurare la retrocessione in B del Napoli nel 2000-01, Emiliano viene chiamato nel corso della stagione 2001-02 a sostituire Luigi De Rosa sulla panchina del Cosenza venendo poi esonerato, richiamato nuovamente all’inizio del campionato 2002-03 e nuovamente sollevato dall’incarico prima della fine del torneo.
Con la Fiorentina, sua squadra del cuore, ottenne nel 2003-04 la quinta promozione in A della sua carriera che lo vede al secondo posto in questa particolare classifica. Lascia la guida dei viola dopo le prime giornate del campionato 2004-05.
Il 29 gennaio 2006 venne scelto dall’Albinoleffe, in serie B; ottenuta la salvezza, rimase al timone della squadra azzurroceleste anche per la stagione 2006-2007, conclusa al decimo posto. Nella stagione 2007-2008 scese in serie C1 per ritornare dopo ventuno anni alla Cremonese.
Dopo la finale dei play-off persa contro il Cittadella, Mondonico non venne confermato per la stagione successiva.
Fu poi reingaggiato dalla Cremonese tra il 17 dicembre 2008, quando sostituì Ivo Iaconi; resta a Cremona sino al il 26 marzo 2009, giorno in cui presentò le proprie dimissioni.
Il 28 settembre dello stesso anno ritorna sulla panchina dell’Albinoleffe al posto di Armando Madonna, guidandola alla salvezza ai play-out dove, grazie alla posizione migliore in classifica.
Il 30 gennaio 2012 subentra ad Attilio Tesser sulla panchina del Novara, ultimo dopo 23 giornate, tornando cosi’ ad allenare in massima serie dopo più di sette anni.
Alla terza partita sulla nuova panchina ,il 12 febbraio, coglie una clamorosa vittoria in casa dell’Inter (0-1) grazie a un gol di Caracciolo. Il 6 marzo, dopo 6 partite viene esonerato dalla dirigenza del Novara e sostituito da Tesser, richiamato sulla panchina dei piemontesi.
"Se non fatichi
non ottieni nulla"